Reorder taxa based on tax_table columns or computed values. Supports the .
pronoun to refer to the phyloseq object for sorting by abundance.
Arguments
- physeq
(phyloseq, required) A phyloseq object.
- ...
Variables to sort by. Use desc()for descending order. Use.to refer to the phyloseq object.- clean_phyloseq_object
if TRUE (default), the resulting phyloseq object is cleaned using
clean_pq()to remove empty taxa/samples.
Examples
library(MiscMetabar)
# Arrange by taxonomy
arrange_taxa_pq(data_fungi, Phylum, Class)@tax_table[, "Phylum"]
#> Taxonomy Table: [1420 taxa by 1 taxonomic ranks]:
#> Phylum
#> ASV371 "Ascomycota"
#> ASV402 "Ascomycota"
#> ASV969 "Ascomycota"
#> ASV1096 "Ascomycota"
#> ASV1407 "Ascomycota"
#> ASV43 "Ascomycota"
#> ASV52 "Ascomycota"
#> ASV56 "Ascomycota"
#> ASV60 "Ascomycota"
#> ASV70 "Ascomycota"
#> ASV80 "Ascomycota"
#> ASV96 "Ascomycota"
#> ASV113 "Ascomycota"
#> ASV122 "Ascomycota"
#> ASV139 "Ascomycota"
#> ASV151 "Ascomycota"
#> ASV159 "Ascomycota"
#> ASV163 "Ascomycota"
#> ASV164 "Ascomycota"
#> ASV182 "Ascomycota"
#> ASV201 "Ascomycota"
#> ASV211 "Ascomycota"
#> ASV228 "Ascomycota"
#> ASV239 "Ascomycota"
#> ASV244 "Ascomycota"
#> ASV270 "Ascomycota"
#> ASV309 "Ascomycota"
#> ASV327 "Ascomycota"
#> ASV329 "Ascomycota"
#> ASV341 "Ascomycota"
#> ASV353 "Ascomycota"
#> ASV355 "Ascomycota"
#> ASV395 "Ascomycota"
#> ASV415 "Ascomycota"
#> ASV418 "Ascomycota"
#> ASV419 "Ascomycota"
#> ASV449 "Ascomycota"
#> ASV453 "Ascomycota"
#> ASV461 "Ascomycota"
#> ASV468 "Ascomycota"
#> ASV479 "Ascomycota"
#> ASV496 "Ascomycota"
#> ASV499 "Ascomycota"
#> ASV502 "Ascomycota"
#> ASV507 "Ascomycota"
#> ASV515 "Ascomycota"
#> ASV516 "Ascomycota"
#> ASV520 "Ascomycota"
#> ASV535 "Ascomycota"
#> ASV539 "Ascomycota"
#> ASV542 "Ascomycota"
#> ASV544 "Ascomycota"
#> ASV546 "Ascomycota"
#> ASV555 "Ascomycota"
#> ASV561 "Ascomycota"
#> ASV569 "Ascomycota"
#> ASV586 "Ascomycota"
#> ASV591 "Ascomycota"
#> ASV605 "Ascomycota"
#> ASV608 "Ascomycota"
#> ASV614 "Ascomycota"
#> ASV667 "Ascomycota"
#> ASV676 "Ascomycota"
#> ASV697 "Ascomycota"
#> ASV698 "Ascomycota"
#> ASV701 "Ascomycota"
#> ASV705 "Ascomycota"
#> ASV707 "Ascomycota"
#> ASV710 "Ascomycota"
#> ASV727 "Ascomycota"
#> ASV733 "Ascomycota"
#> ASV742 "Ascomycota"
#> ASV754 "Ascomycota"
#> ASV766 "Ascomycota"
#> ASV785 "Ascomycota"
#> ASV786 "Ascomycota"
#> ASV790 "Ascomycota"
#> ASV792 "Ascomycota"
#> ASV796 "Ascomycota"
#> ASV823 "Ascomycota"
#> ASV828 "Ascomycota"
#> ASV837 "Ascomycota"
#> ASV880 "Ascomycota"
#> ASV883 "Ascomycota"
#> ASV891 "Ascomycota"
#> ASV897 "Ascomycota"
#> ASV910 "Ascomycota"
#> ASV918 "Ascomycota"
#> ASV924 "Ascomycota"
#> ASV927 "Ascomycota"
#> ASV937 "Ascomycota"
#> ASV939 "Ascomycota"
#> ASV949 "Ascomycota"
#> ASV955 "Ascomycota"
#> ASV956 "Ascomycota"
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#> ASV981 "Ascomycota"
#> ASV983 "Ascomycota"
#> ASV984 "Ascomycota"
#> ASV985 "Ascomycota"
#> ASV988 "Ascomycota"
#> ASV998 "Ascomycota"
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#> ASV1006 "Ascomycota"
#> ASV1007 "Ascomycota"
#> ASV1010 "Ascomycota"
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#> ASV1023 "Ascomycota"
#> ASV1024 "Ascomycota"
#> ASV1029 "Ascomycota"
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#> ASV1037 "Ascomycota"
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#> ASV1044 "Ascomycota"
#> ASV1046 "Ascomycota"
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#> ASV1125 "Ascomycota"
#> ASV1127 "Ascomycota"
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#> ASV1137 "Ascomycota"
#> ASV1143 "Ascomycota"
#> ASV1150 "Ascomycota"
#> ASV1154 "Ascomycota"
#> ASV1155 "Ascomycota"
#> ASV1158 "Ascomycota"
#> ASV1159 "Ascomycota"
#> ASV1160 "Ascomycota"
#> ASV1171 "Ascomycota"
#> ASV1178 "Ascomycota"
#> ASV1186 "Ascomycota"
#> ASV1200 "Ascomycota"
#> ASV1225 "Ascomycota"
#> ASV1228 "Ascomycota"
#> ASV1235 "Ascomycota"
#> ASV1243 "Ascomycota"
#> ASV1245 "Ascomycota"
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#> ASV1268 "Ascomycota"
#> ASV1273 "Ascomycota"
#> ASV1275 "Ascomycota"
#> ASV1276 "Ascomycota"
#> ASV1286 "Ascomycota"
#> ASV1287 "Ascomycota"
#> ASV1295 "Ascomycota"
#> ASV1296 "Ascomycota"
#> ASV1305 "Ascomycota"
#> ASV1307 "Ascomycota"
#> ASV1310 "Ascomycota"
#> ASV1326 "Ascomycota"
#> ASV1331 "Ascomycota"
#> ASV1336 "Ascomycota"
#> ASV1351 "Ascomycota"
#> ASV1364 "Ascomycota"
#> ASV1368 "Ascomycota"
#> ASV1373 "Ascomycota"
#> ASV1379 "Ascomycota"
#> ASV1381 "Ascomycota"
#> ASV1384 "Ascomycota"
#> ASV1387 "Ascomycota"
#> ASV1390 "Ascomycota"
#> ASV1393 "Ascomycota"
#> ASV1395 "Ascomycota"
#> ASV1398 "Ascomycota"
#> ASV1400 "Ascomycota"
#> ASV1401 "Ascomycota"
#> ASV1410 "Ascomycota"
#> ASV1413 "Ascomycota"
#> ASV1416 "Ascomycota"
#> ASV1425 "Ascomycota"
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#> ASV1451 "Ascomycota"
#> ASV1457 "Ascomycota"
#> ASV1472 "Ascomycota"
#> ASV1480 "Ascomycota"
#> ASV1482 "Ascomycota"
#> ASV1492 "Ascomycota"
#> ASV1496 "Ascomycota"
#> ASV1503 "Ascomycota"
#> ASV1504 "Ascomycota"
#> ASV1518 "Ascomycota"
#> ASV1524 "Ascomycota"
#> ASV1525 "Ascomycota"
#> ASV1526 "Ascomycota"
#> ASV1532 "Ascomycota"
#> ASV1536 "Ascomycota"
#> ASV1538 "Ascomycota"
#> ASV1569 "Ascomycota"
#> ASV1573 "Ascomycota"
#> ASV1574 "Ascomycota"
#> ASV1575 "Ascomycota"
#> ASV1589 "Ascomycota"
#> ASV1602 "Ascomycota"
#> ASV1620 "Ascomycota"
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#> ASV1639 "Ascomycota"
#> ASV1641 "Ascomycota"
#> ASV1674 "Ascomycota"
#> ASV1683 "Ascomycota"
#> ASV1689 "Ascomycota"
#> ASV1704 "Ascomycota"
#> ASV81 "Ascomycota"
#> ASV95 "Ascomycota"
#> ASV112 "Ascomycota"
#> ASV127 "Ascomycota"
#> ASV149 "Ascomycota"
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#> ASV272 "Ascomycota"
#> ASV339 "Ascomycota"
#> ASV342 "Ascomycota"
#> ASV369 "Ascomycota"
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#> ASV522 "Ascomycota"
#> ASV526 "Ascomycota"
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#> ASV537 "Ascomycota"
#> ASV538 "Ascomycota"
#> ASV571 "Ascomycota"
#> ASV587 "Ascomycota"
#> ASV593 "Ascomycota"
#> ASV598 "Ascomycota"
#> ASV650 "Ascomycota"
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#> ASV712 "Ascomycota"
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#> ASV1052 "Ascomycota"
#> ASV1058 "Ascomycota"
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#> ASV1069 "Ascomycota"
#> ASV1073 "Ascomycota"
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#> ASV1114 "Ascomycota"
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#> ASV1162 "Ascomycota"
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#> ASV1076 "Ascomycota"
#> ASV1081 "Ascomycota"
#> ASV1090 "Ascomycota"
#> ASV1103 "Ascomycota"
#> ASV1107 "Ascomycota"
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#> ASV1185 "Ascomycota"
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#> ASV470 "Ascomycota"
#> ASV480 "Ascomycota"
#> [ reached 'max' / getOption("max.print") -- omitted 420 rows ]
# Arrange by total abundance (descending)
arrange_taxa_pq(data_fungi, dplyr::desc(taxa_sums(.)))
#> phyloseq-class experiment-level object
#> otu_table() OTU Table: [ 1420 taxa and 185 samples ]
#> sample_data() Sample Data: [ 185 samples by 7 sample variables ]
#> tax_table() Taxonomy Table: [ 1420 taxa by 12 taxonomic ranks ]
#> refseq() DNAStringSet: [ 1420 reference sequences ]
# order of columns matters
dfm_arr <- arrange_taxa_pq(data_fungi_mini, Class, Genus)@tax_table[, c("Class", "Genus")]
arrange_taxa_pq(data_fungi_mini, Genus, Class)@tax_table[, c("Class", "Genus")]
#> Taxonomy Table: [45 taxa by 2 taxonomic ranks]:
#> Class Genus
#> ASV27 "Agaricomycetes" "Antrodiella"
#> ASV54 "Agaricomycetes" "Auricularia"
#> ASV91 "Agaricomycetes" "Auricularia"
#> ASV29 "Agaricomycetes" "Basidiodendron"
#> ASV48 "Agaricomycetes" "Elmerina"
#> ASV34 "Agaricomycetes" "Entocybe"
#> ASV82 "Agaricomycetes" "Exidia"
#> ASV108 "Agaricomycetes" "Exidia"
#> ASV35 "Agaricomycetes" "Fomes"
#> ASV53 "Agaricomycetes" "Fomes"
#> ASV58 "Agaricomycetes" "Fomes"
#> ASV99 "Agaricomycetes" "Fomes"
#> ASV50 "Agaricomycetes" "Gloeohypochnicium"
#> ASV46 "Atractiellomycetes" "Helicogloea"
#> ASV104 "Agaricomycetes" "Hericium"
#> ASV59 "Agaricomycetes" "Hyphoderma"
#> ASV61 "Agaricomycetes" "Hyphoderma"
#> ASV101 "Agaricomycetes" "Marchandiomyces"
#> ASV41 "Agaricomycetes" "Mycena"
#> ASV25 "Agaricomycetes" "Ossicaulis"
#> ASV42 "Agaricomycetes" "Ossicaulis"
#> ASV68 "Agaricomycetes" "Ossicaulis"
#> ASV77 "Agaricomycetes" "Ossicaulis"
#> ASV75 "Agaricomycetes" "Peniophora"
#> ASV85 "Agaricomycetes" "Peniophorella"
#> ASV49 "Agaricomycetes" "Phanerochaete"
#> ASV47 "Agaricomycetes" "Radulomyces"
#> ASV32 "Agaricomycetes" "Sistotrema"
#> ASV8 "Agaricomycetes" "Stereum"
#> ASV18 "Agaricomycetes" "Stereum"
#> ASV26 "Agaricomycetes" "Stereum"
#> ASV94 "Agaricomycetes" "Stereum"
#> ASV64 "Agaricomycetes" "Trametes"
#> ASV12 "Agaricomycetes" "Xylodon"
#> ASV67 "Agaricomycetes" "Xylodon"
#> ASV105 "Agaricomycetes" "Xylodon"
#> ASV107 "Agaricomycetes" "Xylodon"
#> ASV7 "Agaricomycetes" NA
#> ASV62 "Agaricomycetes" NA
#> ASV63 "Agaricomycetes" NA
#> ASV72 "Agaricomycetes" NA
#> ASV93 "Agaricomycetes" NA
#> ASV71 "Tremellomycetes" NA
#> ASV83 "Tremellomycetes" NA
#> ASV100 NA NA