See https://www.nature.com/articles/s41467-017-01312-x for more information on the method.
Usage
lulu_pq(
physeq,
nproc = 1,
id = 0.84,
vsearchpath = "vsearch",
verbose = FALSE,
clean_pq = FALSE,
keep_temporary_files = FALSE,
...
)Arguments
- physeq
(required): a
phyloseq-classobject obtained using thephyloseqpackage.- nproc
(default 1) Set to number of cpus/processors to use for the clustering
- id
(default: 0.84) id for –usearch_global.
- vsearchpath
(default: vsearch) path to vsearch.
- verbose
(logical) If true, print some additional messages.
- clean_pq
(logical) If true, empty samples and empty ASV are discarded before clustering.
- keep_temporary_files
(logical, default: FALSE) Do we keep temporary files
- ...
Additional arguments passed on to function
lulu()
Value
a list of for object
"new_physeq": The new phyloseq object (class physeq)
"discrepancy_vector": A vector of discrepancy showing for each taxonomic level the proportion of identic value before and after lulu reclustering. A value of 0.6 stands for 60% of ASV before re-clustering have identical value after re-clustering. In other word, 40% of ASV are assigned to a different taxonomic value. NA value are not counted as discrepancy.
"res_lulu": A list of the result from the lulu function
"merged_ASV": the data.frame used to merged ASV
Details
The version of LULU is a fork of Adrien Taudière (https://github.com/adrientaudiere/lulu) from https://github.com/tobiasgf/lulu
References
LULU : https://github.com/adrientaudiere/lulu forked from https://github.com/tobiasgf/lulu.
VSEARCH can be downloaded from https://github.com/torognes/vsearch.
Author
Tobias Guldberg Frøslev tobiasgf@snm.ku.dk & Adrien Taudière adrien.taudiere@zaclys.net
Examples
# \donttest{
lulu_pq(data_fungi_sp_known)
#> Start Vsearch usearch_global
#> Lulu algorithm
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|
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