Useful for targets bioinformatic pipeline.
Arguments
- physeq
(required): a
phyloseq-classobject obtained using thephyloseqpackage.- names_of_samples
(required) The new names of the samples
Examples
rename_samples_otu_table(data_fungi, as.character(seq_along(sample_names(data_fungi))))
#> OTU Table: [1420 taxa and 185 samples]
#> taxa are columns
#> ASV2 ASV6 ASV7 ASV8 ASV10 ASV12 ASV13 ASV18 ASV19 ASV22 ASV23 ASV24
#> 1 1 0 767 578 0 0 638 30 0 0 0 0
#> 2 23 26776 10187 9 0 1 20 0 0 0 0 0
#> 3 1 0 263 399 0 0 4 3 0 0 0 0
#> 4 281 0 35 107 0 3186 87 29 2973 0 0 9
#> 5 260 0 0 829 0 0 0 1040 0 0 0 0
#> 6 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 1
#> 7 5 0 4215 1341 0 1 0 42 0 0 0 0
#> 8 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 9 5 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0
#> 10 5 0 0 3 0 1 0 0 0 0 0 0
#> 11 19 0 0 1 2168 0 108 0 0 0 0 0
#> 12 8 0 0 0 15 0 17 0 1 0 0 0
#> 13 7 0 0 0 14220 0 543 0 0 0 0 0
#> 14 5 0 1 0 1037 1338 46 0 0 0 0 0
#> 15 20 0 0 1 167 0 0 0 0 0 0 0
#> 16 5 0 0 7 0 0 121 0 51 0 0 0
#> 17 3 0 0 2 0 0 2 0 5 0 0 8
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#> 19 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
#> 20 7 0 0 36 224 0 1002 44 1 0 0 0
#> 21 5 274 238 11495 0 0 355 111 0 0 0 0
#> 22 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 23 7 0 0 10 0 1 0 0 0 0 0 0
#> 24 6 0 2884 4 245 0 6337 0 0 0 0 0
#> 25 13 0 0 9741 121 0 142 11963 0 0 0 0
#> 26 11 0 0 0 0 0 18 0 0 0 0 0
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#> 28 98 0 873 336 0 0 0 7 6 0 0 0
#> 29 39 0 2351 80 269 1 220 630 0 0 0 0
#> 30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 31 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0
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#> 36 3 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 976
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#> 44 3 1 1 1 13 0 14 0 0 0 0 254
#> 45 1 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 3719
#> 46 19 9876 0 1 20 1 0 0 0 0 0 0
#> 47 5 0 994 8 12292 0 41 1845 0 0 0 0
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#> 61 1201 0 0 2 28 0 0 0 1625 1 0 5
#> 62 2844 0 0 0 0 0 35 0 1070 0 0 0
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#> 64 11 0 8964 1052 0 0 263 51 0 0 0 0
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#> 67 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 68 6 14 0 9 0 0 0 0 23 0 0 8701
#> 69 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 70 3 3818 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> ASV25 ASV26 ASV27 ASV28 ASV29 ASV31 ASV32 ASV33 ASV34 ASV35 ASV38 ASV41
#> 1 0 351 0 1 0 0 0 0 0 0 0 6
#> 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0
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#> 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
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#> ASV42 ASV43 ASV45 ASV46 ASV47 ASV48 ASV49 ASV50 ASV51 ASV52 ASV53 ASV54
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#> 70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
#> ASV55 ASV56 ASV57 ASV58 ASV59 ASV60 ASV61 ASV62 ASV63 ASV64 ASV65 ASV67
#> 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
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#> 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
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