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Hill diversity profile for a phyloseq object

Source: R/hill_divent.R
profile_hill_pq.Rd

lifecycle-experimental

Wraps divent::profile_hill() to compute a Hill diversity profile across diversity orders for each sample in a phyloseq object, and returns a ggplot2 object via ggplot2::autoplot().

Usage

profile_hill_pq(physeq, orders = seq(0, 2, 0.1), merge_sample_by = NULL, ...)

Arguments

physeq

(required) a phyloseq-class object obtained using the phyloseq package.

orders

(numeric vector) Hill diversity orders to compute. Default seq(0, 2, 0.1).

merge_sample_by

(character or NULL) If not NULL, merge samples using merge_samples2() before computing profiles.

...

Additional arguments passed to divent::profile_hill().

Value

A ggplot2 object.

See also

divent::profile_hill(), hill_curves_pq()

Examples

# \donttest{
profile_hill_pq(data_fungi_mini)
#> Taxa are now in columns.
#> Computing Hill profiles ■■■■■■■■                          23% | ETA:  8s
#> ! Sample coverage is 0, most estimators will return `NaN`.
#> Computing Hill profiles ■■■■■■■■                          23% | ETA:  8s

#> ! Sample coverage is 0, most estimators will return `NaN`.
#> Computing Hill profiles ■■■■■■■■                          23% | ETA:  8s

#> ! Sample coverage is 0, most estimators will return `NaN`.
#> Computing Hill profiles ■■■■■■■■                          23% | ETA:  8s

#> ! Sample coverage is 0, most estimators will return `NaN`.
#> Computing Hill profiles ■■■■■■■■                          23% | ETA:  8s

#> ! Sample coverage is 0, most estimators will return `NaN`.
#> Computing Hill profiles ■■■■■■■■                          23% | ETA:  8s

#> ! Sample coverage is 0, most estimators will return `NaN`.
#> Computing Hill profiles ■■■■■■■■                          23% | ETA:  8s

#> ! Sample coverage is 0, most estimators will return `NaN`.
#> Computing Hill profiles ■■■■■■■■                          23% | ETA:  8s

#> ! Sample coverage is 0, most estimators will return `NaN`.
#> Computing Hill profiles ■■■■■■■■                          23% | ETA:  8s

#> ! Sample coverage is 0, most estimators will return `NaN`.
#> Computing Hill profiles ■■■■■■■■                          23% | ETA:  8s

#> ! Sample coverage is 0, most estimators will return `NaN`.
#> Computing Hill profiles ■■■■■■■■                          23% | ETA:  8s

#> ! Sample coverage is 0, most estimators will return `NaN`.
#> Computing Hill profiles ■■■■■■■■                          23% | ETA:  8s

#> ! Sample coverage is 0, most estimators will return `NaN`.
#> Computing Hill profiles ■■■■■■■■                          23% | ETA:  8s

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#> ! Sample coverage is 0, most estimators will return `NaN`.
#> Computing Hill profiles ■■■■■■■■                          23% | ETA:  8s

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